Дифференциальная экспрессия микро РНК в опухолевыхи нормальных тканях толстый кишки
Статья в журнале
Русский
613.6.027
колоректальный рак; микро РНК; некодирующие РНК; экспрессия; colorectal cancer; microRNA; non-coding RNA; expression; metastases; multiple parallel sequencing
Медицина и здравоохранение / Клиническая медицина / Онкология
С. 74-82
Якутский медицинский журнал: научно-практический журнал Якутского научного центра Российской Академии медицинских наук и Правительства Республики Саха (Якутия)
Якутск, Сахаполиграфиздат
Основан в 2003 г.
Выходит 4 раза в год
1813-1905 (print), 2312-1017 (online)
Ежеквартальное научно-практическое издание для работников медицинской науки и образования, лечебно-профилактических учреждений практического здравоохранения. Включен в утвержденный ВАК РФ "Перечень ведущих рецензируемых научных журналов и изданий, в которых рекомендуется публикация основных научных результатов диссертаций на соискание ученой степени кандидата по биологическим наукам и медицине". Журнал включен в международную справочную систему по периодическим и продолжающимся изданиям "Ulrich's International Periodicals Directory".
Журнал включен в перечень ВАК, входит в систему РИНЦ, ISI
РИНЦ 2017: 0,107
Якутский медицинский журнал / научно-практический журнал Якутского научного центра Российской Академии медицинских наук и Правительства Республики Саха (Якутия) ; главный редактор А. Н. Романова. – 2003 - . – Якутск : Сахаполиграфиздат, 2003 - . – Выходит 4 раза в год. – ISSN 1813-1905 (print). – ISSN 2312 (online). – 2020, N 4 (72)
Non-coding RNAs (miRNAs and long non-coding RNAs (lncRNA)) play an important role in many biological processes, and dysregulation can lead to various diseases, including colorectal cancer (CRC). The aim of the study was to analyze the differential expression of miRNAs in the tumor and normal tissues of patients with CRC, as well as the identification of potential lncRNA targets and target genes using methods of machine learning. Analysis of miRNA expression was performed by multiple parallel sequencing on a MiSeq instrument. For bioinformation analysis, DESeq2, TarPmiR, ORA (Over-Representation Analysis) and FMD (Functional module detection) algorithms were used. Sequencing revealed 6 differentially expressed microRNAs (hsa-miR-143-3p, hsa-miR-26a-5p, hsa-miR-25-3p, hsa-miR-92a-3p, hsa-miR-21-5p, hsa -let-7i-5p) in the tumor tissue of the colon is relatively normal. For these microRNAs, 97 target genes and 23 potentially interacting long non-coding RNAs were identified. Together they form a network of competitively expressed RNA characteristic of CRC, which is involved in the implementation of signaling cascades such as regulation of cell adhesion, activation of the immune response, regulation of the cellular response to hormones and stress, Wnt signaling pathway and cell migration regulation, regulation of proliferation and cell cycle, regulation interaction with viral agents, regulation of apoptosis and response to hypoxia. The data obtained expand the understanding of the mechanisms of gene expression regulation in CRC and can become the basis for a panel of tumor markers
Новикова, И. А. Дифференциальная экспрессия микро РНК в опухолевыхи нормальных тканях толстый кишки / И. А. Новикова, Н. Н. Тимошкина, Д. С. Кутилин // Якутский медицинский журнал. — 2020. — N 4 (72). — С. 74-82
DOI: 10.25789/YMJ.2020.72.19
Чтение документа возможно в помещении библиотеки