Повышение уровня жизни населения является основной задачей всех уровней исполнительной власти системы государственного и муниципального управления в Российской Федерации. За последние десятилетия основным методом реализации деятельности системы ГМУ стал программно-целевой метод управления, основной задачей которого стала согласованность ориентиров общего социально-экономического развития страны с постепенной конкретизацией поставленных задач до уровня региона, а затем и муниципального образования. В статье в очередной раз доказывается необходимость методической поддержки системы муниципального управления в вопросах формирования, реализации и оценке эффективности муниципальных программ, как основного инструмента стратегического планирования развития территории. Выявлены проблемы как на уровне планирования муниципальных программ, так и на уровне оценки эффективности реализации, заключающиеся в невозможности количественной оценки достигнутых результатов. Предложена методика интегральной оценки эффективности реализации муниципальных программ, основанная на трех ключевых направлениях: планирование и оценка реализации мероприятий, планирование и оценка своевременности и достаточного финансирования, оценка качества планирования и отчетности муниципальной программы. Представленная методика интегральной оценки позволит давать количественную оценку эффективности реализации муниципальных программ, что облегчит составление рейтинга деятельности органов местного самоуправления муниципальных, городских округов и муниципальных районов РС(Я), повысит внутренний уровень мотивации среди муниципальных служащих, позволит повысить их квалификацию