12 марта (27 февраля) 1887 г. Якутский областной статистический комитет по инициативе секретаря А.И. Попова принял решение о создании местного музея. Поводом для принятия такого решения послужил череп ископаемого бизона, найденный в 1886 г. на берегу реки Вилюй и отправленный в статистический комитет старостой I Чочуйского наслега Вилюйского округа Семеном Егоровым. К этому времени появились первые музеи в Сибири, усилился интерес к Якутии, как перспективной сырьевой базе, богатой полезными ископаемыми. Первая экспозиция музея открылась 7 июня (26 мая) 1891 г. До 1917 г. хранителями, консерваторами музея работали политические ссыльные, в том числе и Е.М. Ярославский (М.И. Губельман), чьё имя было присвоено музею в 1924 г. До 1978 г. музей работал как краеведческий. Основные коллекции музея можно разделить на 4 блока: естественные; этнографические; археологические; исторические. С 1978 по 1991 г. музей был республиканским объединением музеев, имел 20 филиалов. В 1991 г. объединение распалось, но на музей были возложены обязанности научно-методического центра. В составе музея с 1995 г. функционирует Управление по делам музеев и музейному фонду Республики Саха. Директор - Шишигин Егор Спиридонович