Якутский филиал НИИ национальных школ РСФСР создан 1 апреля 1961 г. по ходатайству директивных органов Якутской АССР совместным решением Бюро ЦК КПСС по РСФСР и Совета министров РСФСР, а также постановлением президиума Академии педагогических наук РСФСР. На основании Указа Президента РС(Я) М.Е. Николаева N144 от 4 апреля 1992 "О мерах по развитию образования" был открыт Научно-исследовательский институт национальных школ РС(Я). Первый директор - Васильева Саргылана Прокопьевна. 22 августа 2001 г. в соответствии с приказом НИИ НШ РС(Я) от 22.08.2001 N 01-07/37 институт переименован в Государственное учреждение "Научно-исследовательский институт национальных школ РС(Я)". С 27 октября 2003 г. директор - Семенова Светлана Степановна